Сюжет фильма рассказывает о крипто зоологической организации «Монарх», которая, благодаря своим титаническим усилиям, отслеживает и сдерживает гигантских монстров, первобытных хищников, желающих вернуть тот мир, в котором они когда-то существовали. Несколько лет назад в Японии произошла утечка ядерного реактора. Именно тогда сотрудники организации «Монарх» в недрах атомной станции обнаружили паразита Гнуса. Спустя время был обнаружен ещё один паразит, а точнее его самка. Эти два хищника хотели вернуть на Землю каменный век и породить полчища подобных им. Один учёный сказал, что в природе царит свой порядок, некий баланс между добром и злом. И когда этот баланс нарушен, то приходит тот, кто этот баланс восстанавливает. Имя ему Годзилла. Этот древний ящер живёт в океане, глубоко под землёй. Он приходит в этот мир, когда человечеству грозит серьёзная опасность. Тысячи людей были свидетелями битвы Годзиллы и двух паразитов. Однако ящер смог одолеть их и уничтожил. Выполнив свою миссию, ящер вернулся обратно в океан.

Человечество еле оправилось после произошедшего события. Целый город был разрушен, многие люди погибли. И всё же, тогда казалось, что настал мир и порядок. Но не тут то было! Планета снова оказалась в большой опасности. Но на этот раз всё было гораздо страшнее. Нашествие опасных хищников стало самой настоящей катастрофой для всего человечества. И снова пришёл Годзилла, чтобы помешать коварным замыслам своих противников. Но в этот раз против ящера восстали сразу трое гигантских монстров: Мотра, Родан и кайдзю – трёхголовый Кинг Гидора. Когда-то эти хищники были лишь мифами. Однако мифы и легенды оживают, и эти монстры восстали в схватке друг с другом. Людям оставалось лишь одно: отойти в сторону, не вмешиваться и при этом остаться в живых.

Однако военные не привыкли сдаваться и решили бороться до самого конца, применяя все самые современные технологии и оружие, которое только существовало. Однако военные не предусмотрели одного. Все их ракеты и пушки не смогли нанести даже малейшего урона древним хищникам. Единственным защитником и с недавнего времени друг людей стал Годзилла. Ящер был готов отпор кровожадным чудовищам, сметающим всё на своём пути. Люди прекрасно понимали, что эта жестокая схватка будет не на жизнь, а на смерть. Но сможет ли обитатель морей уничтожить врагов человечества?! Ведь сражаться он будет в одиночку.